1851年，天王洪秀全在“永安封王”时，命其他四王归东王杨秀清节制。自从南王冯云山及西王萧朝贵相继战死后，权力更加集中在东王一人身上。
在太平天国前期，实权由军师掌握，天王虽然地位在各王之上，然而在制度上是一个虚位元首，实际权力在正军师东王杨秀清手上。另外重要的是，洪秀全在1848年承认“天父下凡”附身杨秀清后，杨秀清不时假托“天父下凡”发令，连洪秀全也要听从杨秀清的命令。
在定都天京后，东王与其他诸王的关系日趋紧张。北王曾因下属犯错而被东王下令杖责，北王韦昌辉的族兄因为跟东王的妾兄发生财产争执而惹怒东王，东王叫北王议罪，北王被迫把族兄五马分尸。翼王石达开的岳父黄玉崑因公事开罪东王，被杖刑三百，革去爵位及降职，同一事件亦令燕王秦日纲及另一高官陈承瑢被东王杖刑。即使是天王，也多次被所谓“天父下凡”的“天父”东王以杖刑威吓。由于东王权大，众人往往敢怒而不敢言。
1856年6月20日，太平军攻破清军向荣的江南大营，解天京三年之围。向荣在8月9日死后，其死讯不久便传入天京，东王杨秀清见当时太平军形势大好，权欲极度膨胀。
1856年8月，东王杨秀清假称“天父下凡”，召天王洪秀全到东王府。“天父上身”的东王对天王说：“尔与东王均为我子，东王有咁（客语，意为“这么”。）大功劳，何止称九千岁？”洪秀全说：“东王打江山，亦当是万岁。”“天父”又问：“东世子岂止是千岁?”洪说：“东王既万岁，世子亦便是万岁，且世代皆万岁。”“天父”大喜说：“我回天矣。”
“天父”要求洪秀全把东王杨秀清由“九千岁”封为“万岁”，洪秀全当时假装同意，为表示庆贺推延至杨秀清生日（公历当年9月23日）时正式封万岁。洪秀全其后密诏，要领兵在外的北王韦昌辉、翼王石达开等人诛杀杨秀清。还有一说，此时北王韦昌辉请求天王诛杀东王，天王不肯。及陈承瑢后来向天王告密，谓东王有弑君篡位之企图，天王密诏北王、翼王及燕王铲除东王。
“杨秀清逼封万岁”的说法，来自李秀成被俘后的《李秀成自述》，翼王石达开临刑前的口供则说洪故意加封。燕王秦日纲亲信部属爱尔兰人肯能逃回欧洲的口述记录资料只字未曾提及；收录在《太平天国》资料丛刊中的《石达开自述》与晚近发现的《三略汇编·石达开自述》，均未提及杨秀清挟洪秀全去“逼封为万岁”的事，也未提到杨秀清有任何叛逆行为。
北王韦昌辉率三千精兵赶回天京，9月1日夜在城外与燕王秦日纲会合，陈承瑢开南门接应。众军在凌晨突袭东王府，东王被杀，东王府内数千男女，包括东王妻妾五十四人同被杀尽。
其后天王下诏斥责韦昌辉、秦日纲，佯称韦昌辉擅杀有罪，宣布他们每人将被杖责500，诱使东王杨秀清属下临观，约有6000名东王部属在弃械后被骗入天王府遭到杀害。北王以搜捕“东党”为名，大杀异己，平民也不能幸免。总计被杀的军民约有两万余人。
翼王石达开9月26日（一说杨秀清被杀六星期后）到天京，在天王府会晤北王韦昌辉，北王和燕王给翼王石达开看了他们诛杀杨秀清的行动过程记录。因韦昌辉大开杀戒，石达开亦有部属在乱中被杀，责备北王滥杀之事，说：“你们杀了东王和他们的主要将领还不满足吗?为什么还要杀这么多为我们打仗的弟兄?”……此后，翼王说：“你们既然已经走到这个地步，你们自己可以了结这件事，我就不管了。” 两人不欢而散，石达开见势不妙，当天晚上悄悄集合部队来到西门，但不经北王许可是不得出城的。他就杀死守门者，同他的大部分部众出了城。北王未能捉拿翼王，尽杀翼王家属及其王府部属。
翼王从安庆起兵讨伐北王，求天王杀北王以谢天下。天京以外的太平军大多支持翼王。
由于害怕再起兵变，天王派人当众谴责韦昌辉：“你跟我，若不是东王，就没有今天，我本来没有杀他之意，现在既然已经捕杀了东王，东王部下们又有什么错？又要把他们全部杀掉！应该以天父好生之德为念，放了他们才对！”把罪责全然推给北王，假惺惺地自当“好人”。韦昌辉闻言大怒：“我为他除掉了大害，如今反责备我，是想沽名钓誉吗？”北王在势急下攻打天王府，但最终败于效忠天王的将士，北王韦昌辉于11月2日被杀，其首级被函送安徽石达开营中验收；其帮凶燕王秦日纲及陈承瑢不久亦被处死，天京事变告一段落。
后来天王撤销了杨秀清的图谋篡位罪名。一八五九年，洪秀全接受堂弟洪仁玕的建议，为进一步安抚杨秀清的旧部，弥补信仰危机，挽回人心，将九月二日（‘天历’七月二十七日）杨被杀之日定为“东王升天节”。洪秀全的圣谕：“七月念七东升节，天国代代莫些忘。谢爷降托赎病主，乃X(此字上合下共)世人转天堂。天国代代遵三重，天情真道福无穷。妄为推测有何益?可怜叛爷成臭虫。”即教导臣民千万不要推测构成冤案的原因，“叛爷”指韦昌辉、秦日纲和陈承镕三人。洪秀全在给英国公使的《赐额尔金诏》中谈到杨秀清的死因时说东王是被“陷害”的，相当于太平天国官方公布的东王被杀原因，而“告密”不实即为陷害。太平天国后期，洪秀全对陈承瑢和秦日纲的族人特别厚待。
天京事变后，太平天国内人心开始涣散，军事形势逆转，清军陆续在各战场得胜，太平天国的控制区大为缩小，即使后来太平军攻下江浙一带，形势上也一直处于下风。
北王韦昌辉死后，翼王石达开执政，天王洪秀全开始重用其洪氏兄弟以牵制石达开，导致石达开在1857年带领大军出走，更令太平天国雪上加霜。
太平天国初期由军师主政的政制，在天京事变及翼王出走后已名存实亡。后期的太平天国，天王虽然掌握了实权，然而当时的政府架构颇为混乱，加速了太平天国的灭亡。
有人认为杨秀清“逼封万岁”一事并不真确，只是洪秀全杀杨的借口，当时太平天国刊行的《天父天兄圣旨》也没有提及此事，但至今未有足够证据支持“无逼封万岁”说。