正当湘江乘胜东下，计划“肃清江面，直捣金陵”时，杨秀清集结援军，以石达开为统帅，于1855年1月发动了九江--湖口会战，大挫湘军，粉碎了曾国藩的战略攻势，并乘胜转入反攻。此时，太平军西征战略指挥臻于成熟，逐渐形成了一套对付湘军的战略战术。
1854年11月，石达开再度临威宁受命，主持西征军事，组织九江--湖口会战。战略目标是阻遏湘军凶锋，力保鄂东，鄂北，巩固九江，湖口，以挽回危局，重振上游战局。骁将林启容先声夺人，在九江城下勇挫塔齐布的凶猛攻势后，罗大纲在湖口对岸梅家洲再度告捷，阻滞了湘军进攻。紧接着，石达开伺机出动，连续大败湘军于湖口，九江江面，纵火焚敌师船，粉碎了曾国藩“上复浔城，下清湖口”的战略企图，并乘胜反攻，挺进湘军后方，西征战局败而复振，导向新的高潮。九江，湖口之战成为西征战略转变的转折点。
从战略指挥上考察可见，杨秀清果断决定以石达开督师，放手大胆整合战略指挥。翼王审时度势，认真部署了这场关系天国前途命运的战略决战。他把九江，湖口视为一个战略整体，调集将士，重点设防，以积极防御战略，谨慎备战。
首先，石达开命罗大纲进兵赣北鄱阳湖沿岸之九江，南康，饶州三府，阻遏江西清军北进，以确保九江，湖口侧翼安全，开拓了九江，湖口地区的防御纵深，加强了西征军在会战中的军事地位。
其次，石达开命秦日纲，陈玉成等在江北鄂东蕲州，广济，黄梅及小池口，孔垅驿等地布防，节节遏制湘军的凌厉攻势，阻滞湘军在北岸的推进，使湘军陆师一个多月间未能与水师同时直下九江。石达开正是利用这一宝贵时机，从安庆，天京征调兵力西援，坚强九江，湖口地区防务。西征军动作迅速，防务严密，“比塔齐布等回军渡江，则九江已屹然坚城”，建成了坚固的水陆防御体系，为会战准备了有利条件。秦日纲，陈玉成兵团撤出鄂东后，收缩战线，集中兵力于皖西宿松，太湖一线，休整补给，并牵制杨霈部清军东犯，成为西征军的一支较大的机动兵团。
第三，石达开制定了高垒坚守，避敌疲敌，挫敌锐气的战略方针，挫败了曾国藩速战速决的企图，使湘军长期顿兵于九江，梅家洲坚垒之下。曾国藩攻坚屡挫，被迫与西征军相持。石达开则在湖口不失时机截湘军水师为外江，内湖两支，这“不啻猛虎拔牙”。接着火焚敌船，大挫湘军，夺取了会战的全胜。
乘九江，湖口会战的胜利，石达开再次举兵夺权武汉，经略湖北，与湘军力争上游。1855年2月，罗大纲率南岸千余将士与北岸秦日纲同时转入战略反攻，水陆挺进湖北腹地，猛击湘军战略后方。2月23日，西征军四占汉阳，4月初，三克武昌，开创了新的战局。曾国藩“崎岖入南昌，江淮道塞”。随后，陈玉成进军鄂北，韦志俊大败胡林翼，取得金口，zha(上大小多)山两捷，战绩辉煌，湖北州县纷纷易帜，“江，襄郡邑，贼迹殆遍。”局势为之巨变。
石达开的战略指挥积极，坚决和正确，主要表现在：
第一，不失时机地在敌人空虚的后方发起反攻，既迫使曾国藩撤军回救，以减轻九江湖口压力，又可夺权武汉，经略湖北，重据理(令瓦)之势。在战役指挥上，西征军以南岸牵制，北岸水陆长驱深入，钳制上游，行动迅猛，出敌不意，很快收复了鄂东，鄂东南及鄂北等地，取得显著战果。
第二，实施战略机动，打出外线，深入敌后，确保武汉基地。西征军三克武昌后，胡林翼回救武汉，会同杨霈，魁玉等从北，西两路进击汉阳，企图夺回武汉，挽回溃局。对此，西征军采取以攻为守，先发制人的运动战略，由韦志俊驻守武汉，陈玉成率近万将士组建机动兵团，向鄂北出击。“清军胜东挫西，疲于奔走。”近万名清军被牵制而不能南下。李滨在《中兴别记》中考察了西征军战略发展态势后写道：
“贼来既多，壁且分窜旁郡。闻德安已失，督宪退往随州，则北窜可虑。东路之贼，尽踞咸宁，有逼岳州之信，则南窜可虑。而天门，阳一带，日有贼踪窥伺，则窜荆襄尤可虑，北窜而饷道断，南窜而后援空，畏首畏尾，动皆掣肘。”
第三，集中兵力，主动出击，以战为守，是西征军战略指挥上又一特色。因南岸湘军主力北趋汉阳，汉阳守军告急。武昌主帅韦志俊立即召黄州，德安等地将士飞速援汉，“志图zha(上“大”下“多”)山”，并再攻金口，在金口，zha山皆获胜捷，从而扭转了武汉战局，西征军“势复炽”。进口，zha山大捷是积极防御武汉的典型战例。
迅速而猛烈地转入战略反攻是防御会战中最精彩的一章，但如何正确，及时地捕捉战略性转变时机，选择反攻的战略目标，则是战略转变成败的关键。石达开果断决策，看准湘军锐气渐竭，水师大败与后方空虚等严重弱点，抓住战略反攻的可贵战机，及时指挥将士转入反攻，确定武汉为反攻的战略目标，长驱西进，“陷武汉，扰荆，襄，蹂崇，通，破义宁”，使西征由战略防御迅速提升到战略反攻阶段。
会战与反攻充分显示出石达开在战略指挥上的高超，娴熟和机警。他摈弃了武汉，田家镇的消极防御战略，改取积极防御战略，在防御中捕捉战机，乘隙出击，逐次歼灭湘军有生力量，进而在北岸向清军虚弱部位发起反攻，迫使曾国藩转入战略退却，西征战局因而改观。看来，西征战略指挥已基本成熟和定型，这是西征战局进一步发展的重要关键。
自1853年回师西征到1856年天京事变前夕，数万西征军将士在东起天京，西及宜昌，北到庐州，随州，南至吉安，湘潭的广阔战场上浴血奋战，创造了辉煌的战绩，成功地攻占了天京至武汉之间的沿江主要城市，建立了较为巩固的上游基地。由于北伐军的覆亡，天京上游成为太平天国的主要战场，3年多的西征战史表明，太平军西征战略由于受各种因素制约，不断演变，逐渐深化合完善，初期战略目标只是截敌饷道，攻敌必救以分敌兵力，同时获取粮食，支援天京。石达开亲征后，开始确立并实施建立根据地战略思想。之后，进军皖北，西征两湖，争夺长沙。湘军崛起后，西征军被迫作战略防御与退却，湘北失利，武汉沦丧以至田家镇大溃。直到石达开重新住持军务，指挥九江，湖口会战，西征战略才由防御转入反攻，战略指挥臻于成熟定型，整个西征战区的战略指挥得以统合，改变以往数易统帅的战略指挥紊乱状态。至此，“开疆拓土”的政治目标与战略的运动及发展有机结合起来，西征军据有安庆，九江，武汉等上游门户，在鄂，赣，皖三省开辟了基地，支援与屏蔽了天京，西征发展战略也因此得以完善。战略目标与太平军实际战略力量基本适应，太平天国前期的军事斗争因之进入鼎盛时期。
