1853年9月，杨秀清改组西征指挥班底，以翼王石达开主持军务，取代赖裕新。西征军亦改变行动计划，自南昌撤围后，经湖口入长江，于29日克九江，以林启容“踞其城，以通长江上下游之路”。主力继续西进，突破田家镇，击溃湖北清军与楚勇，占兴国，黄州，轻取汉阳，汉口，进陷孝感，汉川，扰及溳口，云梦，德安，到处征粮，“势甚张。”
9月25日，石达开率6000人的援兵坐船600余艘，西抵安庆。安庆位于长江下游，西出可达九江，南昌，武汉等地，北上可通庐州，凤阳，进入淮，徐地区，东进则可直达天京，堪为天京上游第一门户。翼王决定经营安庆，作为太平军西征的总指挥部。安庆将士在黄花亭，马山两处筑土城，在准提庵修建土墙，控扼入城交通线。北门城楼安置枪炮，各城添筑望楼，瞭棚。于迎江寺修建炮台，并将城垣增高5尺，把五门封筑，仅留小南门出入，“意在暂为巢穴，北图庐州。”而且，翼王开始设置乡官，建立基层政权，在安庆分兵占据，选择本地支助太平军者为乡官，授以职务。还组织群众“督修河堤，以卫民田”，从而使“民不乏食”，在战争环境里恢复和发展生产。
为了安定社会秩序，石达开还出示布告，申明太平军经略安徽目的是“抚安黎庶，援救生灵”，要求群众不要“惑于谣言，擅自迁徙”，免得“或丢家业，或丧身命，其害不可胜言”。太平军的抚民政策，使安徽民心悦服，“所到之处迎壶浆，耕市不惊民如常”，正是石达开在安庆的着力经营，使安庆地区成为太平天国在天京上游的巩固战略基地。当时地主文人戴钧衡也说：太平军“先时数千里所过不留，未尝行立官安民之事。迨八月复距安庆，始行此举”。自此以后，安庆被太平天国控制达8年之久。
在经营安庆同时，石达开抓紧时机，乘清军虚弱，分兵进取皖南，皖北腹地，实施战略发展。10月4日，一支太平军由天京驶至安徽和州运漕镇。清总兵玉山遣军抵抗失利，’溃退东关。太平军又在黄落河击溃李登洲军，毙敌200余人，清军败回芙蓉岭。次日，太平军进据东关。7日，太平军乘势攻夺巢县。10月18日，安庆太平军乘船数百号渡江，击败守城兵勇，占领下游之池州府城。
驻守在安庆城北17里外集贤关的清军守将张熙宇见西征军经营安庆，仓皇失措，屡次要求安徽巡抚李嘉瑞调发援兵。李嘉瑞以防庐州为借口，不肯前往，只命总兵恒兴带兵至集贤关，“不图攻剿。”10月25日，石达开遣胡以晃带兵进攻集贤关，以分路截击，包抄敌军后路战术，一举击溃守军，击毙游击赓音泰，伍登庸等，张熙宇，恒兴等亡命练潭镇，再溃逃桐城。帐房，锅锣尽为太平军焚毁。咸丰帝惊闻集贤关失守，皖北危急，急谕江忠源带勇赴皖，江北大营瞿腾龙带兵前往接应，“总以收复集贤关，不令贼踪乘虚北窜为要。”
考察从石达开亲征到回师皖北这一阶段的西征战史，可见石达开指挥的灵活机动，卓著成效，指挥统一，兵力集中。实施积极运动战略，扬长避短，发挥了太平军水师优势，从而使西征战局出现了新的转机。更为重要的是，石达开亲征表明西征战区在太平天国全军战略中地位的上升，标志着西征战略发生了重大转变。西征不再是截敌粮饷，攻其必救的战略机动，而是要占据长江沿岸安庆，九江等江防重镇，同时向各省腹地进军。太平军开始把争城略地，建设地方政权，建立上游基地作为西征主要的战略任务。
韦志俊(又称韦俊)，石祥祯等部太平军在湖北汉阳地区经略半个月后，忽于11月6日全部主动撤离，退至蕲州，黄州间，分兵把守。主力则会同胡以晃，曾天养等军计万人，开辟皖北基地。石达开再次灵活应变，放弃向湖北的战略运动，集中力量突然挺进皖北腹地，实施战略发展。这一变异出敌意料，清廷反应迟钝，征调困难。11月中旬，太平军克服练潭，桐城，突破大小两关，占领舒城，兵锋直指庐州。1854年1月15日，太平军攻克庐州，清军安徽巡抚江忠源败亡。皖北基地遂告开辟。
此时太平军经略目标不再满足于长江沿岸地带，而是“并力以取合肥”，占领皖北腹地，一则为天京提供粮食基地，二则为西征战略后方，三则控制皖北，可北出徐，淮，增援林凤翔，李开芳北伐军。夏燮在《粤氛纪略》中指出：太平军“以此通北路之援，扼江淮之险，南则舒，桐之声势联络，东则和，巢之策应”，对皖北基地的战略地位给予了比较实际的评判。
该阶段太平军战略指挥实在高明。石达开从西征全局战略筹划，先是分兵经营安庆基地，同时遣军西上，在湖北大张声势，兵锋东自黄陂，西及汉川，北窥德安府，使武汉清军惶恐不安，但西征军战略机动意图不在迅速拿下武昌，而是转移清廷注意力给咸丰帝造成错觉，吸引清军保卫武汉。素以谋勇兼备自居的江忠源就判断太平军“盘踞汉阳，贼船由汉水上驶至仙桃镇，岳家口以上，有窥视西方之势”。因而，清廷上下都忽视了皖北防御。石达开在湖北虚晃一枪后，旋即改变战略进攻方向，调集西征军主力回师，突破大，小两关清军防线，长驱北进。江忠源措手不及，顾此失彼，着着被动。清方哀叹，“庐州陷，巡抚江忠源死之，徐，淮间不可为矣。”石达开知人善任，令具有攻坚经验的胡以晃为攻庐主帅，辅以彪悍勇将曾天养。太平军坚持内困城敌，外拒援敌战略，重创城外清援军，“舒兴阿，音德布屡战皆挫。”紧接着，太平军“环城急攻”，使清军防不胜防，弹尽粮绝，坐困孤城，终至城破人亡。庐州大捷遂成为石达开第一次主持西征的得意之笔。
太平军占领庐州后，石达开奉调入京，主持天京城防事宜，杨秀清再次把西征战略目标定向两湖。他派遣韦志俊，石祥祯等出天京西返，会同皖北曾天养部共3万将士水陆两路，大举进攻湖北。1854年2月，堵城大捷，清军“连营火起，兵勇大溃”。清湖广总督吴文镕兵败自杀。太平军乘胜三占汉阳，汉口，“横江屯扎，南北隔绝。”之后，兵分三路：一路近万人由石祥祯率领，“由武昌意图上犯”南征入湘；一路八九千人由韦志俊，石凤魁统带渡江围困武昌；另一路，曾天养领近万人经略鄂中，鄂北，进逼荆襄。是时，太平军在两湖“焰鴟张，裹挟愈众，洞庭南北凡水次皆贼舟，勒逼居民蓄发编册，按户输粮”。
看来，杨秀清的战略目标在于经略两湖腹地，开拓疆土，乘虚扩展上游版图，较之原来开辟皖北基地的战略意图，视野更为拓宽。可是，杨秀清的宏图大略与西征军的兵力投入发生剧烈矛盾，潜伏着失败的危机。由于在皖北的胜利，杨秀清为胜利冲昏头脑，盲目轻敌，制定并实施了重两湖，轻安徽的冒进战略。诚然，攻占武汉，拥有两湖具有重大的战略意义，但在皖北尚未完全底定的情况下，过早转移战略目标，则是不足取的。杨秀清令胡以晃留守庐州，在皖北转取守势，置庐州城外3万多清军于不顾，抽调曾天养部主力赴鄂，皖北太平军兵力锐减，皖北基地逐渐被清军蚕食，功能难以发挥。
杨秀清急功近利，贪多求快，以致战略目标与西征军有限兵力构成强烈反差。在战略发展上，“最好的战略是首先在总兵力方面，然后在决定性的地点上，始终保持十分强大的力量。。。。。。战略上最重要的而又最简单的准则是集中兵力。”西征军既力争荆襄，又欲同时南占长沙，攻夺目标过多，无法坚持集中兵力的军事原则，只能不断分散与削弱进取兵力，在战略指挥上犯了军事冒险主义错误。曾天养在湖北实施的战略发展，兵锋遍及东自黄梅，西及宜昌，甚至“遣人窥伺西川”，“夔巫戒严”，北达随州，南延湘境的广大地区，“纵横千里有余里”。攻夺城市过多，军事效益不大，所过之地，旋得旋失，实际并未达到建立巩固基地的目标。最后，曾天养部在湖北无法立足，转入湘北，战略发展势头趋向保守，而林绍璋在湘潭的惨败则宣告了西征军第一次战略进攻高潮的结束。