太平天国的领导集团不是由纯粹的农民阶级出身者组成的。如洪秀全、洪仁玕是农民家庭出身的知识分子，杨秀清是出身农民的种山烧炭工人，韦昌辉是壮族地主子弟，石达开和胡以晃也出身于地主阶级家庭，另外，有人出身于商人，有的人是城市流氓，有的人是秘密社团的首领，像后期名将李秀成和陈玉成则是典型的贫苦农民子弟。由此看来，太平天国的高层领导集团，其成员的阶级出身和民族比较复杂，中下级领导层的阶级成份就更为复杂了。要协调各阶级、各阶层、各民族利益、处理各种矛盾实际上远远超出了农**动能力所能许可和应付的范围，成为了前所未有的困难和负担。
早在起义前两年，杨秀清取得代天父传言权，萧朝贵取得代天兄传言权。天父、天兄的下凡，改变了洪、冯传教的独占地位。“杨秀清、萧朝贵之所以能够以下凡的方式来争夺权力，并且由此创建起一个以他们自己为领袖的组织。其主要原因就是洪秀全、冯云山的劝人‘拜上帝’并没有形成什么组织，更没有建立什么‘会’ ”。冯云山的宗教宣传为杨、萧的组织活动作了必要的思想准备。
和洪、冯相比较，杨、萧的新的传教方式更加符合一般农民的迷信盲从心理和广西“降僮”习俗，“他们的聪明就在于把洪秀全关于‘上帝’的种种设想在现实世界中真正展现在人们眼前，把那些散漫的无组织的‘拜上帝人群’用外在的强力约束和内心的精神恐吓集合成为一个团体，一个以自己站在权力巅峰之上为条件的，以自己夺取政权为目的的团体”。 一方面便于“拜上帝”的信仰迅速扩大，一方面造成杨、萧有向洪、冯挑战的机会和资格。洪秀全他们虽知杨秀清、萧朝贵的降托是左道巫术，但看见在群众中起了这样大的作用，认为正可以利用，兼之二人是广西本地人，有地利人和的便利，遂承认他们有代天父天兄传言的权力。曾经由萧朝贵假托天兄下凡，向会众宣布不但人人要服从杨秀清和他，就是洪秀全也一样。洪秀全俯首遵命说：“谨受教”。故洪秀全虽为天王，实际受杨、萧控制。
1851年四月，拜上帝会决定要起义了。杨秀清为着要夺取起义领导权，他与萧朝贵合谋，假装口哑耳聋，耳孔出脓，眼内流血，成了病废，躲在幕后操纵，由萧朝贵出面假托天兄下凡主持。到十月初一日，地主围练向拜上帝会进攻时，他就立刻耳聪目明，心灵性敏，到金田围营指挥队伍，与地主围练大战，把它打败。1851年十月二十五日，天王洪秀全降诏封正军师杨秀清为东王，西、南、北、翼四王都归节制，将军令权交归杨秀清。
在云山进入紫荆山区图谋革命之日就以他年建国担任军师自居的。拜上帝密谋起义时，洪秀全称天父第二子，云山称天父第三子，杨秀清称天父第四子，
韦昌辉称天父第五子，杨宣娇称天父第六女，杨宣娇的丈夫肖朝贵称为“帝婿”，石达开称天父第七子。太平天国称呼制度，尊者为兄，卑者为弟。现存天兄圣旨，从戊申年九月间肖朝贵假托天兄下凡直到庚戍年正月天兄下凡所有说到云山、杨秀清、肖朝贵的地方，都把云山名列杨、肖上。从这个排班来看，那时是以云山坐第二把交椅的。再从李秀成自述原槁所说“谋立创国者出南王之谋，前做事者皆南王也”的群众公认来论，云山也是应该第二把交椅的。只因到决定起义时，杨秀清、肖朝贵要夺取起义领导权，要夺取军师的权位，由肖朝贵假托天兄下凡，用天兄的意旨命令洪秀全、冯云山去“避吉”（太平天国讳凶为吉，避吉就是躲藏），把他们甩在一边。军师权位送为杨、萧所夺。冯云山的副军师只是一个虚衔，实权都在杨、萧手中。其最大原因在于洪、冯局限于“劝人为善”的道德说教，并没有形成什么组织，是杨、萧在洪、冯的宣传基础上开始建立组织。
起义之初，因洪秀全、杨秀清、萧朝贵之间的相互制衡，洪秀全苦于没有处理军政事务的兴趣和能力，加上忠诚厚道的冯云山居中调停，并未形成明显冲突，所以洪、杨、肖的**意向并未充分落实，反似有种**迹象。洪秀全做了很大努力，他竭力维持太平天国的神权逻辑不能中断，协调自己与天父天兄的关系，重新界定自己的身份。洪氏**同杨氏**妥协于是乎有所谓军师负责制。
1848年12月初7日《天兄圣旨》“天父封尔为大道君王全”“但尔称王，不得称帝，天父才是帝也”，为作为上帝化身的杨秀清将来代洪自立，化天王为天帝埋下了伏笔，因为杨秀清是天帝在人间的代言人。
冯云山以同为知识分子，其才其德其功为洪秀全所忌，以洪系人马为杨、肖所忌，三人合力将冯去山由洪下第二位降至洪、杨、萧下第四位。
洪秀全坚持瞎指挥，冯云山苦谏不成，代洪冒险出师，受清军炮击死于全州蓑衣渡。从此，洪秀全出策乏人，响应乏人，面对杨的铁腕，洪秀全在军事上不能再随心所欲地乱拿主意，更难以、也更无心参与军政了，导致他军政方面的兴趣和能力迟迟培养不起来。为了安享天福、为了避免劣势下与杨秀清正面争执、为了扬长避短、曲线争权，洪秀全选择了不遗余力地造神。
定都天京后，洪秀全是公认的太平军最高首领，洪秀全沉迷于意识形态的把握与主持，除重大事务的最终决策权外，一般不过问军事、政事，以“俗务”视之，统筹全局的实际大权由杨秀清一人执掌。洪秀全是公认的太平军最高首领，可他却把军权完全下放，规定所有军队全归东王节制，弄得自己没有一支亲自掌控的武装力量可供驱驰。最后平叛时，不得不屡屡假手于人，不断受制于人。
杨秀清因为少了萧、冯、洪干预，权力更加集中。永安封王以及洪秀全权力转移到杨秀清身上，对太平天国革命形势迅速发展可能是有好处的，但却隐伏着以后造成君臣权力倒置的后果。
太平天国从定都天京之日起，就已经为他们以后的失败埋下了伏笔。一些人开始滋生了贪图享乐的意识，洪秀全和几个王候争相扩建王府，过上了奢华淫逸的生活，军事上开始变得消极。因此说，从全局上来讲，由原来的战略进攻，潜移默化地转为了战略防御。同时，洪秀全，杨秀清，以及诸王等深居京都，这就为他们之间矛盾的加深和恶化制造了温床。
建都天京后，洪秀全手批前遗诏圣书圣人约翰天启之传第十四章说：“今当禾熟之时，即得救之侯。朕是禾王，东王禾乃。禾是比天国良民。禾王、禾乃俱是天国良民之主也。验矣，钦此。”洪秀全又在宗教的理论上钦定秀清和他一样“俱是天国良民之主”。洪秀全还亲口诏众官说：“尔为官者，须和尔东王所言，即是天父所言也，尔等皆当钦遵”。这就是说秀清成为天父的化身，就是不在替天父传言的时候，他说的话也具有天父圣旨同样的权力，太平天国全体官员军民都必须钦遵，当然包括称为天父次子的洪秀全在内。虽然洪秀全说这句话时是在被秀清假托天父下凡要杖责他之后，是有所勉强而说的。但是，既出自洪秀全之口，就不论他愿意不愿意，都不能不说他承认了秀清是太平天国最高主宰这一事实。同时，太平天国采取军师负责制，秀清任正军师，总理军国，将宗教的、政治的、军事的大权全部掌握在手中，成为太平天国的实际领导者。
太平天国的国家组织形式采取了这种把农民**主义和君主制独特结合在一起的军师负责制。这种政体，虽把国家实权归军师执掌，天王临朝不理政，作为一个虚君，发挥了农民**的一面。但却大讲“君道”和“臣道”，承认“天无二日，土无二王”，君臣界限不容逾越，如有人敢於夺取君位，就要被叫做“乱臣贼子”，斥为“篡盗”，人人得而诛之，又保留了君主制权能的另一面。因此，洪秀全仍拥有诛杀秀清的权力——这就是这种政体所赋与他的君权所产生的力量。关於这一点，秀清不是不知道的。就在那一次他假托天父下凡要杖责洪秀全第三天，他上殿去安慰洪秀全。洪秀全称赞他说：“清胞真是古之所谓骨鲠这臣。自后在尔幼主之世，凡为臣者当如清胞今日之直言，方尽为臣之道也”。他对说：“小弟虽足为臣者法，但后日幼主以后，亦要法我二兄海底之量，能受臣直谏，方尽为君之道也。自古以来，为君者常多恃其气性，不纳臣谏，往往以得力之忠臣，一旦怒而误杀之，致使国政多乖，悔之晚矣”。秀清这一段对话，流露出藏在内心深处的对还拥有君权和性烈如火的洪秀全的恐惧。
太平天国的君主天王洪秀全，称万岁，而正军师杨秀清，祗称九千岁。他朝见天王时虽与群君臣有别，毋须下跪，却还要站在陛下。虽然太平天国的政权掌握在他手中，一切国务都归他决定，但在形式上却还要奏请洪秀全取旨。洪秀全尽管形同虚君，但他所拥有的君权仍高出于秀清之上。
本来，秀清早已存心要取洪秀全而代之的了。由于向荣这一支从广西一直跟追来的清朝大军—江南大营，就盘踞在天京门外孝陵卫，威胁着天京的安全，，大敌当前，使他有所顾虑，还不敢妄动，内部矛盾被暂时地压抑着。
洪秀全虽是天王，但杨秀清掌握了军政实权；在建都天京后，常以天父代言人之名，超越洪秀全之上。随着起义的发展，杨秀清逐渐自恃功高，专擅跋扈，与天王洪秀全明争暗斗，常以天父名义，否定洪秀全的主张。为了实现政治、宗教，文化等领域的唯我独尊，取代孔子百代君师的显赫地位，成为凌铄古今的文化最高权威。为了把教义的权威阐释权从杨秀清手中夺回来，他一字一句地校订了《圣经》，重新颁布以再度整合太平天国的神权系统。癸好三年四月，洪秀全发动一场如火如荼的反孔运动，完全否定孔孟及诸子百家学说。他不分青红皂白，将中国历代典籍一律斥之为“妖书”。洪秀全曾下诏说：“凡一切孔孟诸子百家妖书邪说者尽行焚除，皆不准买卖藏读”。“读者斩，收者斩，买者卖者一同斩”。由于杨秀清不欲洪秀全神权坐大对自己争权不利，认为“孔、孟之书不必废，其中合于天情道理亦多”，于1854年以“天父”名义制止。“贼本欲尽废六经、四子书，故严禁不得诵读，教习者与之同罪。癸丑（1853.4）四月，杨秀清忽称天父下凡附体云：“‘天命之谓性，率性之谓道’……此等尚非妖语，未便一概全废。故令何震川、曾钊扬、卢贤绂等设书局删书，遍出伪示，示俟删定颁行，方准诵读。 ”洪秀全刊印新、旧约圣经，他下令中止，还以洪秀全苛待宫中女官之细故，要杖责洪秀全。两人对儒家的不同有政治斗争在思想文化领域曲折的曲折体现，争夺文化资源，争取舆论阵地，便于确立各自的政治权威。洪秀全尽毁不成，继之以删，成立删书衙，亲抓十年，到死也未删改出一部，是否有意为之不得而之。（大约毁是真的要毁，删是假意要删，忽悠一下杨秀清。）
这时的杨秀清，集教权、政权、军权于一身，“一朝之大，是首一人”，实际上成了太平天国的最高统治者。从1854年初迄1855年7月的两年半时间内，杨秀清伪托“天父下凡”共达21次之多。每次下凡，不论白天黑夜，从他身边的工作人员开始，直至天王洪秀全都在被传召之列，都要到场跪听“天父”圣旨。这些圣旨，充斥著宗教的胡言乱语，有关政务、军务的内容很少，绝大部分是有关天京内部的矛盾。“天父”对这些矛盾的处置十分严酷，动辄“斩首示众”。其中比较重要的事例有：冬官又正丞相陈宗扬等，因夫妻同宿、吸食洋烟而被斩首示众，有天官又正丞相曾水源等因“怠慢东王”、“欺禾（秀清）不禀”而斩首示众，有燕王秦日纲等因战场失利而押解“东牢”；就连北王韦昌辉，因“天父下凡”时“未出令传齐子女”也遭到杖责40大板。
在杨秀清滥用“天父下凡”的特权，同僚不断受到摧残的情况下，天京笼罩在一片恐怖气氛之中。搞得人人自危，不知哪一天灾祸临头。进入天京以来，杨秀清错杀了一些人，得罪的人就更多，日积月累，渐渐使他成了广大同僚的对立面。太平天国内部的矛盾已发展到了极度紧张尖锐的程度。
杨秀清以为有力量可以反抗他取洪秀全而代之的是韦昌辉、石达开、秦日纲这几个人，如果先把他们制服，就可以为所欲为了。因此，在压制洪秀全的同时，就对他们横加压迫。以前从清方的史料记载中得知，杨秀清偏袒亲属、僚属，欺如韦正胞弟而论，时在弟府殿前议事，尚有惊恐之压他人。如某甲因见杨秀清叔父而未起立这样一件区区小事，最后竟引起“东贼大怒，锁发北贼，杖日纲一百，承镕二百，玉昆三百，某甲五马分尸”(《金陵癸甲纪事略?黄玉昆》 ，这些清方的记载，看来也不完全是无中生有的。他屡次**韦昌辉，使韦昌辉一见他，就“有惊恐之心”。秀清以为这样，就可以把韦、石、秦等压在他的积威之下，使他们不敢不低头屈服了。其实，结果恰恰是走向他的想法的反面，他们却是“积怒于心，口顺而心怒”，在等侯着机会要把他杀死。
1856年夏，太平军取得了攻破江北、江南大营的胜利，杨秀清更加居功自傲，杨秀清以为一统江山的时机已经到来了，于是便行动起来。他又伪托“天父下凡”，逼天王洪秀全封他为“万岁”。当场，洪秀全满口应诺，但心怀愤懑。洪、杨之间的矛盾也达于极点。这些错综复杂的矛盾的发展，最终导致了1856年9月2日“天京内讧”的爆发。洪秀全密召韦昌辉、石达开、秦日纲等带兵回京图之（一说无密诏）。韦昌辉带三千多人从江西入天京，9月2日凌晨攻入东王府，刺杀杨秀清。杨秀清大批亲信、部属也在交战中被杀或被诱杀。在天京大变乱两个多月的恐怖时期，韦昌辉杀害太平天国优秀将士二万多人，给太平天国革命事业带来难以估量的损失，造成了严重的后果。太平天国革命从此由战略进攻转入战略防御。杨、韦内讧，或洪、杨内讧对太平军是致命的打击，不仅好多将士死于内乱，更使得太平军失去了一位能执掌全局的核心人物—杨秀清。从此，太平军在全军指挥调动上更是一盘散沙。
1856年石达开闻讯后，从武昌赶回天京。当他目睹自相残杀的惨象后，严厉谴责北王韦昌辉滥杀无辜。北王韦昌辉把石达开反对滥杀无辜的主张看成对东王的偏袒，意图予以加害，石达开连夜逃出天京，幸免于难，但他留在天京城内的家眷全部被杀。
石达开逃出天京后，到达安庆，起兵回京靖难。上书天王，请杀北王以平民愤，天王见全体军民都支持石达开，遂下诏诛韦，并诏令石达开回京辅政。11月，石达开奉诏回京。石达开回到天京后，深受全朝文武的爱戴，一致尊他为“义王”，合朝同举“提理政务”。在当时情况下，首义六王之中，仅存洪秀全和石达开二人，由石达开协助洪秀全提理军政，确是最适当的。他不计私怨，追击屠杀责任时只惩首恶，不咎部属，连北王亲族都得到保护和重用，人心迅速安定下来。在石达开的部署下，太平军稳守要隘，伺机反攻，陈玉成、李秀成、杨辅清、石镇吉等后起之秀开始走上一线，独当一面，内讧造成的被动局面逐渐得到扭转。但天王见石达开深得人心，心生疑忌，对石达开百般牵制，洪秀全自称“主是朕做”，“军师也是朕做” ，废除军师职务，防止石达开扩展自己的权力，并且任用其兄洪仁发和洪仁达牵制他，中枢权力结构二元化的局面完全改变，天王总揽一切，，翼王处理军政，构成一元化的集权体制。石达开日益无立足之地。
1857年5月底，石达开因惧怕重蹈杨秀清被杀的覆辙而逃出天京，率所部数万人，在苏皖交界处的铜井镇渡江，途经无为州，于6月中旬抵达安庆。内讧之后，各个战场的军事形势本已恶化，许多战略重镇相继陷入敌手；如今石达开又率数万精锐出走，太平天国的力量再次受到严重削弱。洪秀全逼走石达开，受到文武官员批评。加上溧水、句容翼殿将士纷纷流散，城池先后陷落，江南大营清军声势复振，兵锋直逼镇宁。1857年9月，天王迫于形势的恶化和天京军民的压力，为了挽回颓势，被迫向石达开让步，力挽分裂之局，下诏“将洪仁发、洪仁达伪号削去，并镌刻伪义王金牌一道，及合城大小伪职求救表章，送往安庆”，请义王回京秉政。石达开上奏天王，表示无意回京，但会调陈玉成、李秀成、韦俊等将领回援，并以“通军主将”身份继续为天国作战。
正像茅家琦所评价的：“天京事变造成天国将士观念和心理上的变异是难以抹平的，这是天平天国的致命内伤。原来诸王是异姓兄弟，同属上帝亲子，奉洪秀全为主。杨秀清则为天父化身，其神人对话的巫术也被宣传为这位实权派的特异功能，是宗教神学的组成部分。……为此，人们对远离自己现实生活的诸王深感神秘，而且尤其感觉洪杨与上帝一样无处不在。拜上帝教的重要功能正是建立和加强这种对领袖的膜拜，然而，天京事变使这些披着神秘外衣的领袖显露出普通人的行状，他们神的伪装被相互撕破了。为了争夺权力，他们摧毁了兄弟、父子、君臣等神际和人际关系的伦理网络，自相残害，甚至不惜诛戮广大无辜将士，诸王和广大将士的鲜血使幸存者幡然猛醒，对洪秀全竭力宣传的拜上帝教产生厌倦和怀疑的社会心理，太平天国面临严重的信仰危机。” 就连洪秀全也难以逃脱这种心理上的变异，后来的洪秀全久病不医，很大程度上与此相关，这是后话。
领导集团内部的矛盾，韦昌辉杀害杨秀清和在天京的大屠杀，石达开的脱离天京并“将合朝好文武带去” ，使革命力量遭受重大挫伤、损失。使敌人在受到沉重打击之后得到了喘息的机会。敌人重新建立起江南、江北大营，围困天京；而太平天国的一些重要据点也先后陷入敌手。太平天国濒危。
洪秀全虽然杀了杨秀清，但后来太平天国重新肯定他伟大的功绩，并且抬出他的光辉形象去争取人心、维系人心。1859年，太平天国颁布的醒世文，依然歌颂东王的功德。同年，洪秀全在赐西洋番弟诏裹，又特地对杨秀清之死作了一番解释，说：“爷爷顶先降圣旨，师由外出苦难清。期至朝观遭陷害，爷爷圣旨总成行”。这段话是说杨秀清的被杀由天所定，死期到日，该“遭陷害”而死。他之杀杨秀清，是听谗言，但也实是执行上帝（爷爷）预定的圣旨。他给杨秀清洗掉了篡弑的罪状，也给自己卸脱了杀杨秀清的责任。己未九年，又特定七月二十七日杨秀清被杀那天为东王升天节。洪秀全亲自写了“七月念七东升节，天国代代莫些忘”的诏旨，刻在年年颁布的新历上面。这短短两句，凝聚了太平天国对杨秀清无限沉痛的哀悼，也铭记了他在太平天国史上的崇高地位。由于“东王佐政事”太平天国呈现出“平平整整”、“上下战功利、民心服” 的兴旺景象。时危思良将，内讧后急转直下的形势使天国人民越来越怀念东王的领导，为了收拾涣散的人心，也为了安抚和拉回与石达开合队却不甘为之下的杨辅清、杨宜清为主的杨系人马，共持危局，洪秀全又举起了东王的旗帜。
1859年，洪秀全为杨秀清平反恢复名誉，戏剧性地将杨秀清被杀的那一天定为“东王升天节”，有“七月念七东升节，天国代代莫些忘”的诗句，洪秀全无法违逆太平天国军民对杨秀清的尊敬和爱戴，通过纪念杨秀清来收拢零落的民心。通过恢复杨秀清的神迹来恢复自自己的神迹，以便继续造神；洗刷自己的内讧嫌疑，委过于韦，收拾杨辅清等杨派人心；用自己的第五子洪天佑为杨秀清立后，以“幼东王”名义袭杨秀清爵位，可以名正言顺地为洪氏王朝占据了一个显要位置；儿子是东王，是军师，则自己可以更名正言顺地把杨秀清分割去的权利收归手中，实至而名归。还有就是石达开分裂大得人心凭的是功劳、才略、品德、声名罩过洪秀全，洪秀全自知不可以同石达开比才量德，要对付分裂势力，自己最驾轻就熟的只有造神了，造神必捧杨，同时也可以从石达开手里抢过杨秀清这面旗帜争取石达开已拉走或将要拉走的一部分人。尤其是从石达开那边拉过来的屡立战功的杨辅清有再向石部靠拢的迹象，而韦昌辉之弟韦志俊被逼降清后也没有再去争取的可能，千钧一发之际，洪秀全痛下决心，在杨秀清死去三年后终于走出了这一步，并且确实达到了团结杨辅清奋斗到底的目的，当然还远不是亲密无间的。
1858年，在“国中无人，朝中无将”的局面上，洪秀全重建领导核心，提拔后起的陈玉成、李秀成、李世贤等为方面军统帅，自己兼任军师，又采取减赋和加强宗教宣传等措施，度过难关。但鉴于杨、韦、石事件，家天下思想加重，多任用年幼无知或才干不足的兄弟子侄，使领导机构的能力大为降低。1859年，任命新到天京的族弟洪仁为“精忠军师干王”，居于首辅地位。洪仁玕颇具政治资才，但与太平天国渊源较浅，引起宿将不服。洪秀全遂普遍加官晋爵，以团结人心，虽收到暂时效果，但却导致了各将领据地自雄的局面。
洪仁玕到来后，建议他对部下实行文明夺权，“宜潜消其党，勿露其形，或如唐太宗之责尉迟恭以汉高故事，或如汉文之责吴不会而赐杖以愧之，亦保全之一道也”。 洪秀全却不择手段、不计后果，或简单蛮干，或巧取豪夺，收到了适得其反的效果。洪仁玕的一片好心翻为了洪秀全对待部下的一片恶意。客观上洪仁玕的献策无疑是鼓励了洪秀全巧取豪夺的揽权行为，进一步恶化了最高领袖和主要将领的关系。
担心李秀成权势过重，洪秀全又加封童容海、谭绍光、陈炳文等一大批人为王。“多封王侯而少其力”，打击地方当权派并无益于中央集权，却更加带来了地方的涣散，增加了财政困难，大大削弱了反清力量。李秀成为了消除洪秀全的戒心，减少洪姓对他指挥作战的掣肘，主动将母亲、妻子送到洪秀全眼皮底下作人质。一个是坐享天福作威作福而对给他们提供这种生活的将士们不断掣肘的上级，一个为了更好地为当权者效忠效劳作血汗和生命的付出时尚必须以家人作人质的下属。这是多么令人寒心的事。李在屡遭歧视、限制、刁难之下，百般委曲求全，而洪到临死还宣布罢他的官、夺他的权。安庆失守，洪秀全借机将陈玉成贬职削去王位，同时却加封他的部下赖文光、陈得才、梁成富等人为王。哪怕对族弟洪仁矸，时间一长，也心生疑惧，担心大权旁落，不敢放胆使用，致使洪仁玕不少决策难以实现。洪秀全提拔陈玉成、李秀成、洪仁玕等支撑危局，同自己共挽狂澜，这是他不容否定的贡献；然而以上诸人又无一不有被他打击、压制而为我们后来所讳言的一面。因为洪氏无人可以取代陈、李，他们才能暂时被套着缰绳为洪氏服役。只是暂时利用、限制使用。自天京内讧后，生性多疑的洪秀全估计被争斗、猜忌伤透了心，干脆任人唯亲，只信洪氏一门。洪秀全一方面重用私人，打造万世一系的洪氏王朝，另一方面无端猜忌、无情打击最优秀的将领。把石达开、李秀成、陈玉成都视为潜在的篡位者加以提防和打击，防患于未然。
洪秀全重建领导核心、扩充已被严重削弱了的军事力量、组织力量粉碎敌人的军事包围和进攻的用心是好的，也取得了明显的效果。但由于在处理一些重大问题上措置失当，诸如“任人不专，信人不实”，使重建的领导核心趋于解体，滥封王爵助长了分散主义，给太平天国造成了严重的后果。太平天国最终以自己的失败作为了领袖们争斗的代价。