长期以来，冯云山在文学作品中的形象，就是个忠心耿耿、深谋远虑的老黄牛兼神机军师，他不但没有野心，甚至没有脾气，差不多是天国首义领袖中唯一顾全大局、懂得谦让、没有政治野心的人物，有人断言，倘若他不死，杨秀清也不会跋扈到和洪秀全分庭抗礼的地步，后来那场几乎注定了天国覆灭命运的内讧，也许就根本不会发生；也有人认为，以他的务实性格，也许可以把后期陷入宗教癫狂状态的洪秀全拉回人间，让他少说天话，多做人事，让太平天国更像个正常国家。一句话，他简直是太平天国唯一的完人。
从洪秀全到石达开，从杨秀清到李秀成，几乎每个太平天国的重要人物都饱受争议，迄无定论。在这群草莽英雄中，惟独一个人，不论评论者站在怎样的立场，对其政治主张作何评价，但对其个人能力、品德却众口一词地赞誉、佩服，这个人就是冯云山。冯云山似乎是太平天国中唯一能被各“山头”所接受的人物，对这位“政治完人”，留下的崇高评价和高贵头衔并不少。
——“三兄”：这是太平天国还没成立时，他得到的尊称。这个“三兄”可不是瓦岗寨拜把子的老三徐茂公（其实也没这档子史实），而是上帝的第三个儿子。按照洪秀全的说法，上帝的大儿子是耶稣，他自己行二，接下来就是行三的冯云山了，一人之下、万人之上的杨秀清还只能算四弟，您说这尊崇高不高？
——“云师”：定都天京后，洪秀全自称太阳，把诸王都加了个天象的头衔，已经死去的冯云山被称为“云师”，意思是在天上管理云彩的高级干部。
不过崇高评价并非都是真面，也有“假面”：“三兄”固然好听得很，却半点不好受用：杨秀清、萧朝贵趁冯云山被迫打官司之际，靠自称上帝、耶稣附体获得大权，并得到洪秀全的认可，而原本的“二把手”冯云山被降成“四把手”，所谓“三兄”，不过是在“人权”被削夺后，胜利者从“神权”方面所给的、聊胜于无的补偿罢了。
最后我们了解到，冯云山的尸体始终未能寻得，他也因此成为太平天国首义八王中，仅有的两名入土为安者之一。