太平天国资料有一部名为《武略》的文献，它其实是古兵书《武经三书》的重印，即《孙子兵法》、《吴起兵法》与《司马兵法》的合印，但有些内容洪秀全按照他的思想进行了删改。如改《孙子·九变》篇为八变，删掉了“君命有所不受”，还删掉了《孙子·地形》篇论将帅要根据战场实情决策，不必完全听从君命，这反映出他的君主专制思想更甚于封建君王。如改《吴子·图国》“顺俗而教”为“顺时而教”，反映出他要顺应时代潮流的思想。又如改《孙子·作战》篇“则诸侯乘其弊而起”为“则或有乘其弊而起”，改《司马法·仁本》篇“遍告于诸侯……然后冢宰征师于诸侯”为“遍告于各省……然后冢宰征师于各省”，他将“诸侯”改为“各省”，反映出他厉行中央集权的思想。下边结合太平天国《武略》及战例，我讲讲孙子兵法在太平天国战事中的运用。
自太平天国1853年3月定都南京、改称天京后，向荣的江南和琦善的江北两个大营就从南北夹击太平天国的天京、镇江、扬州三座孤城。但由于两个大营兵力仅有35000人，而太平天国方面，镇江、扬州各1万，天京则有5万，总兵力有10余万人。孙子曰：“军无辎重则亡，无粮食则亡，无委积则亡。”而天京、镇江、扬州三座孤城，没有获得足够补给的来源。据统计当时天京军民24万多人，城内存粮仅够支用四个月。鉴于兵力过剩、物资紧张、尤其是粮食危机，除了派遣北伐军“扫除妖孽，廓清华夏”外，洪秀全、杨秀清还决策西征，他们把目标放在了江西、湖广产粮区，当时“安徽、江西粮米广有”，若据有赣、皖，太平军水师顺流而下，运粮也很便易，可解回天京圣仓堆集，“以充军储而裕国课”。而西征前期也的确获取了大量的粮饷，解决了天京粮食匮缺的问题，同时也令江南大营不得不分兵驰往江西，减少了清军对天京、镇江的压力。但由于杨秀清被西征皖北的胜利冲昏头脑，又制定实施了重两湖、轻安徽的冒进战略——既在安徽并没完全掌控的时候，又要力争荆襄，并同时南攻长沙，导致战线过长、兵力分散，结果在林绍璋于湘潭战败后，接着岳州、武汉丢失，田家镇、半壁山防线崩溃，太平军损失大批精锐陆师，水师也几乎全军覆没，西政战局岌岌可危。
而在湘军突破西征军田家镇、半壁山防线后，曾国藩也犯了骄兵必败的兵家大忌，志骄意盈的他上疏咸丰说：“长江之险，我已扼其上游，金陵贼巢所需米、石、油、煤等物，来路半已断绝，逆船有减无增，东南大局，似要转机”，声称要“肃清江面，直捣金陵”。曾国藩囿于武汉、田家镇的速胜经验，以为太平军水师殆尽，陆师溃散，九江—湖口可以轻易取胜，便把主力全部集中起来打一场速决战，这样就导致后方空虚，给以太平军可乘之机。
因西征战局严重恶化，1854年11月，杨秀清便又调石达开主持西征战局。为了挽回危局，石达开组织了九江—湖口会战，这场会战体现了石达开运用孙子兵法之妙。石达开针对湘军来势汹汹，先是节节设防，处处堵截，使九江—湖口构成严密坚固的防御纵深，顶住了湘军的强大攻势，最终使西征军由战略防御转入战略反攻，夺取了九江—湖口决战的胜利。
下面概述一下九江—湖口会战战况。
九江位居长江中游，是鄂、赣、皖水陆交通枢纽，为“江西之门户”。湖口西距九江50里，为鄱阳湖出长江门户。据有九江，下可保安庆、屏障天京，上可西取武汉，南入江西，北进安徽，战略地位事关全局。因此会战之前，为了确保九江、湖口的侧翼安全，石达开先就分兵进入鄱阳湖沿岸的九江、南康、饶州三府。他又命令燕王秦日纲、殿右三十检点陈玉成在江北蕲州、广济、黄梅以及小池口、孔垅驿等地布防，节节抵抗湘军的凌厉攻势，阻滞其进攻速度，以争取湖口坚固工事，加强城防，采取坚守高垒、避敌疲敌、挫敌锐气的战略方针。这就打破了曾国藩速战速决的设想，他说：“自大破田镇之后，私拟九江一郡指日可破，不料陆军北渡扫荡广济、黄梅、濯港、孔垅一带，转战六百余里，奔驰二十余日，而九江、湖口两处之贼守备日固，人数亦日增。”
另外，石达开亲驻湖口，调来近万兵力集中配置在九江、湖口地区，命骁勇善守的殿右十二检点林启荣继续驻守九江，地官副丞相黄文金驻防湖口，冬官丞相罗大纲驻守梅家州、豫王胡以晃协防，并且为了对抗湘军水师，仿造湘军战船，还赶造战舰30余号。总计西征军九江、湖口地区兵力达到近2万人，战船百号，民船千余。
1854年12月15日，李孟群督水师进攻九江，苦战而未能获胜，曾国藩认识到没有陆军配合水师无法取胜，他说：“欲攻江中之船，必先破北岸之贼，欲破北岸之小池口，必先破黄梅、大河埔、孔垅驿之贼。”于是曾国藩进驻九江城外，塔齐布军进至小河口，又奏调湖北按察使胡林翼、副将王国才带勇6000助剿，湘军水陆合攻九江。1855年1月23日，清军水陆一起发动进攻湖口，经过一天激战，太平军木簰上的火药箱被湘军炮火击中爆炸燃烧，望楼倾倒，250多将士战死，湘军水师亦伤亡400多人。但湘军多次攻击，九江城屹立不动，水师图谋湖口亦未得逞，曾国藩被逼改变进攻方向，“舍坚而攻瑕”，调胡林翼、罗泽南、李续宾等陆军先攻湖口对岸梅家州，企图控制鄱阳湖出入口，然后深入内湖，剿灭太平军战船，切断九江后援，进而再图九江。
梅家州位于鄱阳湖流入长江处，与东岸湖口共扼江湖水道。罗大纲在口内扎大小木簰各一座，东岸筑厚土城，多安炮位，两岸立木城两座，高与城齐，周围安置三层炮眼，营外设木桩竹签，广布十余丈，掘沟数重，内安地雷，防守甚为严密。
1855年1月24日，罗大纲率领7000多人分三路主动出击，计划诱敌出营后，由湘军营后潜袭，但被湘军发觉未能摧毁清营。27日与29日，胡林翼、罗泽南再次进攻，太平军深沟高垒，顽强狙击，湘军寸步难行。31日，罗大纲实施在攻取永安时用过的惊魂战术，不时夜袭湘营，搞得湘军夜不得寐，当时正值隆冬，雨雪交加，罗泽南“苦战不能克，夜夜自戒备”，无奈只好退回九江城外，曾国藩“舍坚而攻瑕”、先克梅家州的图谋落了空。
但石达开深知，要战胜湘军必须先战胜其水师。而湘军水师阵形严整，以快蟹、长龙的大船居中指挥，以舢板轻舟来往作战。快蟹最大，配有头炮、尾炮、舷炮，火力最猛。其次为长龙，用以装载辎重、粮食等，但这两种船船体笨重，转舵不灵，行动迟缓。舢板轻快灵便，适应于机动作战，其功能是保护快蟹、长龙。太平军将领见了，颇有难以为胜之意。石达开说：“你们只见其长，不见其短。快蟹、长龙笨重不灵，难以移动；舢板轻舟便于战斗，不便食宿；两种船只有相互依附才能作战。孙子曰：‘古之善用兵者，能使敌人前后不相及，众寡不相恃，贵贱不相救，上下不相收，卒离而不集，兵合而不齐。’如果将它们分离，就可以各个击破。”众将道：“怎么样才能分离它们呢？”石达开笑道：“如此这样，便可以将两种船分开。” 众将听了连连鼓掌叫好，迅速增强了战胜湘军水师的信心。石达开又道：“敌军自出长沙转战千里，屡战屡胜，屡胜则骄，久战则疲，曾国藩集中所有人马战船妄想速胜，只能是欲速不达。”众将问道：“他想速胜，我们该怎么办？”石达开道：“孙子曰：‘先为不可胜，以待敌之可胜’。现在敌军锐气正盛，应避其锐气。我军先筑垒坚守，等待时机出击。”
按照石达开的战策，西征军立即重新构筑了湖口防线，连夜将装满沙石的大船凿沉在江中，仅西岸留一个隘口，拦以蔑缆，以阻止快蟹等大船进入内湖。1855年1月29日，湘军水师营官肖捷三率领长龙、舢板120余号、2000余人斩断蔑缆冲入内湖，直到离湖口40里的姑塘才停下来，与湘军长江水师相互脱节。石达开立即命令将士在湖口再行设卡筑垒，修筑2条浮桥，桥下填上泥土，切断外江、内湖湘军水师之间的联系，同时出动小船数十余只围攻外江快蟹大船，两岸守军数千人配合火攻，“火箭喷筒，迷离施放，呼声震天”，湘军巨舰无法应战，被焚烧了9号，小战船也被焚毁近40号，外江水师狼狈败回九江。在西征军陆师已经获胜的情况下，石达开决定乘胜再进攻败退到九江的湘军水师，2月11日深夜，石达开令九江与小池口守军各出动小船数十只，上载干柴、膏油、硝磺进入长江，乘月黑无光潜入敌船之间，以火箭喷筒袭击敌船。这一仗，湘军水师几乎解体，就连曾国藩的拖罟坐船都被西征军俘获，管驾官、监印官都被击毙，他虽坐小船驶入罗泽南陆营保住了性命，但他的家书、奏章、地图，甚至清朝皇帝的上谕都被太平军缴获。
太平军湖口大捷，烧毁、缴获湘军大量船只，粉碎了曾国藩夺取九江、直捣天京的企图，扭转了西征战场的危局。