雷庙遗址位于今广西桂平市紫荆镇蒙冲村长田屯。清朝前期，在紫荆山蒙冲就有祭祀“五谷诸神于扶由水口，雷王列神于木山之中”的两座庙宇，但因“二庙均非形胜，兼之卑湿颓坏有年”，1815年（清嘉庆二十年），蒙冲石人村乡绅王东城等人倡议将“两庙合祀”，并带头捐资，于长田屯重建了新的雷庙，因庙内供奉三神明——“左谷神，右雷神，及原祀配享之神”，故该庙又称“三圣宫”。两庙合祀后，还供奉文昌和关帝。地方乡绅之所以要将二庙合祀重建，目的是要借此神庙“伏魔以助天，施开化以纠民”，维护地方的社会秩序。
1847年10月（清道光二十七年九月），洪秀全、冯云山等赴象州县大樟捣毁甘王庙后，在紫荆山区迅速掀起了一场“毁坛庙神像”风潮，山内大小神坛庙宇均被波及，而坐落于蒙冲花蕾水边山坡上，“这里附近很多人来拜”的雷庙，当然也不能幸免。12月下旬，洪秀全、冯云山率领会众直奔石人村，愤怒地捣毁了雷庙。对于雷庙被毁的具体经过，籍载阙如，但通过采访当地老人，从他们的口述中仍可略窥一二。据他们说，“洪秀全带领会众打蒙冲雷庙，走到庙门，大家高喊‘斩妖！’然后举起竹杠就打。把大小几十个菩萨全部打倒在地，还扯去他们的胡子，以示惩罚”。
雷庙被砸后，没有再恢复起来，因年久失修，加上当时有钱有势的王氏头面人物的逃离，庙宇逐渐变成了一片废墟，唯立于1821年（清道光元年）的《始建三圣宫碑记》尚且留存。1983年，该碑石被搬移并镶嵌于今金田村犀牛岭“金田起义碑廊”。
洪秀全、冯云山率众捣毁雷庙，给久已伺机寻衅的乡绅王大作、王作新找到了抓人的由头。1847年12月28日（清道光二十七年十一月廿一日），王作新秘密调动团丁，以突然袭击的手段拘捕了冯云山，并把他交给保正以便转解官府审办。拜上帝会的曾亚孙、卢六闻报，立即出动会众把冯云山抢回。但王作新不甘罢休，他以冯云山“为结盟借拜上帝妖书，践踏社稷神明……迷惑乡民，结盟聚会，约有数千人。要从西番旧遗诏书，不从清朝法律”等情，指控其“阳为传教，阴为谋反”，连同起获的抄书数本及门联“证据”，向江口司巡检衙门提出了控告，继又具文向桂平县递呈。为此，江口司巡检王基拘捕了冯云山、卢六，并于1848年2月（清道光二十八年正月）解送桂平监狱管押，由此开启了一场历时半年的政治官司。
因“打砸雷庙”而引发的这场政治官司，影响颇为深远。在此事件中，卢六冤死牢狱，拜上帝会痛失干城，领导力遭到了削弱；而冯云山被押、洪秀全回粤，拜上帝会出现的管治真空又给杨秀清假托天父、萧朝贵假托天兄下凡传言创造了机遇。这场“打庙”官司虽然以冯云山因“无籍游荡”而被“递籍管束”，并重归紫荆山而告终，但此时拜上帝会的领导结构已发生了重大的变化，杨秀清、萧朝贵身份和地位的上升，特别是“代天父天兄传言”权力的取得，改变了拜上帝会原有的政治生态，直接影响了此后领导集体的凝聚力和行动力。