太平天国军在嘉应覆灭前的最后三个月，左宗棠周密策划对嘉应太平军的“长围”战略，双方进行了最艰苦的战争，最终铸成了太平军在嘉应的覆灭。这场战争，分三个阶段进行：
第一阶段：从同治四年（1865）十月二十一日到十一月二十一日，清军对嘉应太平军形成粗围的阶段。
十月二十一日，太平军占领嘉应，左宗棠不仅不怒，反而窃喜。
当时，窥此玄机的还有康国器。康国器，广东南海人。少为吏员，道光末从军，以功授江西赣县桂源司巡检。咸丰初，太平军进江西，农民起义风起云涌，他募死士三百起家，克饶州有功擢升知县，再升同知、知府、道员。同治三年，因克余杭功劳最多，授福建延建邵道，始专统一军；同治四年，他以七千人击败太平军八万，受到左宗棠器重。太平军占领嘉应以后，他别具只眼，认为“嘉应已成困兽”。据《康公事状》载，太平军占领嘉应之后，康国器立即前往左宗棠行营求见，向左宗棠献长围之策。简又文《太平天国全史》第三册载，康国器献计说：“诚以闽师逼其东，粤师逼其西，连营稍前，合成长围，然后作堑困之，别布罗遮师，阻其隳突，得三万兵，三月饷，可聚而歼也。”
左宗棠早有此意，正所谓英雄所见略同。康国器的意见立即被采纳，左宗棠开始了围困嘉应城中太平军的计划：
西北路，他调新任浙江提督的鲍超率领新旧全军1万2千人入闽，经武平、上杭，再由平远入粤，到达嘉应西北大坪、相公亭一带，进入北围战位。
东北路，令刘典率领8千人由赣经闽之永定入粤，赴嘉应东北的松口。
东南路，令福建布政使王德榜率2500人驻防。
西路，他与两广总督会商派广东布政使李福泰率一军驻防兴宁，以防守正西，总兵方耀驻兴宁县东，粤军记名提督曾敏行、副将郑绍忠驻兴宁南。
同时，江西巡抚刘坤一令赣军臬司席宝田、总兵刘胜祥由平远、镇平前进，补充嘉应州正北的防线。左宗棠时带八百亲兵和总兵杨贵和，在福建平和县王官溪坐镇指挥。
此时，鲍超军迟迟不至，其他清军离嘉应均在百里以上，对嘉应的包围还只是一个比较松散的粗围框架。但是，左宗棠心中已经有了一个谨慎而细密的计划。左宗棠《左文襄公奏稿》卷十六：“各军未集之先，各军营垒宜若断若续，若即若离，令贼不觉。一俟各路取齐，则克期并进，一面出队，一面筑营，撒作锁围，乃能困此残寇也。东西北三面紧逼，贼必从西南及南面冲窜……方耀、邓安邦万余人可由蓝口延扎畲坑、长沙圩，届时郑绍忠又当由长沙圩迤扎而东，闽军可由丙村迤扎而西，互相联络，四面锁围庶免流毒他方，致成不了局。”虽是粗围，但他对第二阶段的军事已经了然于胸。
第二阶段：从十一月二十二日到十二月二十一日，是清军包围圈从逐步收紧到锁围的第二阶段。
粗围清军到达制定战位以后，左宗棠见嘉应州太平军没有动作，他又开始调兵遣将，实施更细致的长围战略。十一月二十九日，左宗棠将司令部迁至粤东大埔县（茶阳），就近指挥。东北，令高连升驻扎在距嘉应州30里的葵岭；西路，令总兵方耀、邓安邦驻守离嘉应州30里的蓝口；东南，赖长已经进驻离嘉应州40里的丙村梅江河对岸的井塘，与惠潮嘉道张铣3千人夹河扼守梅江；令康国器军出镇平之三圳、新铺逼近离嘉应州30余里的石峰，东连高连升军。同时，请广东督抚赶造炮船，以扼守大埔三河坝，以防太平军往潮州。这时，清军主力离嘉应州城的距离，远的80里，近的仅30里。稍后，左宗棠把司令部迁三河坝、再迁松口。
上述军队到位以后，左宗棠令各路清军小心地将阵地向嘉应州城慢慢推进。十一月二十四日，署衢州总兵刘清亮把营盘由樟树坪推进到葵岭之前的凤寨，广东陆路提督高连升又派军列阵于凤寨之前，彼此形成更稳固的防线；刘典军从永定至后，立即进驻嘉应东南30里的丙村墟，令原来驻守井塘的赖长部归刘典指挥，使东南防线更为坚固；十二月初二，令署浙江提督黄少春、福建布政使王德榜，由距嘉应80余里的松口逼近城东，王德榜驻守离城10余里的塔子坳，以扼住对面太平军的阵地佛子高。最初，左宗棠遵循围城留缺的战术，城南留出空缺，此时左宗棠调粤军记名总兵郑绍忠，率领所部6千人进驻州城南30里的长沙墟，总兵方耀与邓安邦由城西30里的蓝口移军城南30里的畲坑、长沙墟，扼守南路。黄少春驻金谷坑，与高连升樟树坪军营相接。此时，高连升樟树坪的军营与康国器乌泥岭军营相距不过十里，州城东路、东南、东北、南路以及北路已布阵严实，清军东北的包围日趋紧密。
在十月二十一日占领嘉应州后的两个月中，太平军与清军有几次战斗。十一月十六日，汪海洋派军进攻嘉应之西的蓝口，与粤军总兵方耀交战，击败方耀。十一月二十一日，太平军进攻嘉应城东的白宫，与粤军何云章接战，击毙容超章，何云章逃到丙村的清军营盘。这时，太平军专挑战斗力弱的粤军打击，表现出畏葸不前的心理。此后，汪海洋见形势不利，才向强大的闽军进击。十一月二十四日，康王汪海洋、偕王谭体元督军进攻闽军驻守的葵岭凤寨，并在黄竹洋、双板桥一带设伏待敌。当清军刘清亮部准备筑垒时，太平军骑兵500余由洋枪队前导冲锋，步兵四五万扑向清军，击毙清军游击朱体盛。太平军又分两路进攻，高连升急调洋枪队助战，太平军死伤无数，但前仆后继，仍然击毙候补知县汪遇元、县丞晏际时、叛徒都司钱桂仁等，清军渐渐抵抗不住。这时，高连升迅速投入预备队反攻，汪海洋却未投入预备队作战，无法撼动清军大营，只得退兵。
清军包围圈渐行渐紧之时，汪海洋已明白清军的意图，开始警觉起来。十二月十二日，他亲率大军出征，与天将胡永祥等率军从在嘉应城东黄竹洋出发，从分水坳、曹塘（今潮塘）、佛子高、双板桥进攻清军，在清军要塞塔子坳前激战，清军大败。但汪海洋被叛徒丁太阳用抬枪击中，当场身死。《清史稿》卷412：“是夜降者逾四万，言海洋中炮死矣，士气愈奋。时鲍超军亦至，贼出拒，又大败之。合闽、浙、江、粤军围嘉应。”汪海洋中枪后，太平军抢其尸体回城，偕王谭体元继为统帅。
偕王谭体元（1836-1866），广西象州人，参加金田村起义时年仅15岁。后随军征广西、湖南、湖北、江西、安徽、江苏等地，在翼王石达开帐下封钦天豫；后投李世贤部下，1862年春升主将，当年7月升偕王；1864年8月，他与干王、堵王、昭王、养王、扬王、首王等护送幼天王洪天贵福从安徽到广德，与幼天王失散，后投汪海洋。汪海洋死后，谭体元继位，十二月十九日指挥大军从七树径、金鸡口、坳石等地进攻粤军方耀、邓安邦；次日，进攻鲍超部。但无法撼动清军营盘，只得退守州城。
此时，清军加紧收拢包围圈。南面，十二月十八日，刘典催促总兵刘明灯、简桂林、道员李耀南移营逼近西阳墟；十九日，游击赖长水陆军三营推进到龙津桥；东面、东南面，十二月十九，清军左宗棠部高连升、黄少春、王德榜各军联营并进，逼近太平军黄竹洋、佛子高、曹塘等营垒立营；西北面，十二月十七日鲍超部姗姗来迟，抵达相公亭，二十日进抵平成铺；西路，广东布政使李福泰至蓝口，令总兵方耀、都司邓安邦进抵古塘坪，列阵，与鲍超部形成犄角之势。由于鲍超军到达指点战位，左宗棠对嘉应州太平军的包围已最后锁围。
第三阶段：从十二月二十二日到同治五年正月二十一日，太平军突围和覆灭的阶段。
左宗棠的包围圈收紧后，偕王谭体元见太平军已成瓮中之鳖，召集诸将商议。此时，太平军中的中坚主要是谭体元和胡永祥。
天将胡永祥（1833-1866），道光十三年生，身材中等，眇一目，人称胡瞎子。虽然他位不过天将，但是足智多谋，熟悉兵法阵图，彪悍善战，累立战功，被封天将，在太平军中威信很高。当时，太平军召开军事会议，商讨撤退事宜，会议形成两种意见。一种是谭体元为代表的意见，他认为，两广军队战斗力弱，他们驻防的嘉应州城西南面蓝口一带容易突破，建议西出蓝口趋兴宁、和平，挥师广西。但是，以天将胡永祥为代表的将领认为，应该由丰顺、潮州一带赴闽、浙边界回安徽，以期与北方的太平军会合。经过讨论，最后同意胡永祥的意见，决定南走丰顺、潮州。
十二月二十日，太平军悄然打开嘉应州城的南门，渡过梅江，从城南泮坑出小密，经黄沙嶂向丰顺撤退。天将胡永祥一马当先，偕王谭体元挥戈断后。黄沙嶂，在嘉应州东南30里，属于莲花山脉清凉山支脉北延的余脉，地势险要。清杜文澜《平定粤寇纪略》卷五云：“黄沙嶂者，州南狭隘，群峰峭削，一径萦纡，为嘉应出新田、大田，右至丰顺、左至潮州之间道。”太平军虽然人不知、鬼不觉地离开州城，但是已经投降了清军黄少春部而仍然潜伏在太平军中的内奸刘廷贵、沈文，立即将军情谍报清军；同时，另一叛徒奉王黄十四（即黄朋厚）已于十二月初密降于左宗棠将领刘典，依刘典指示仍潜伏在太平军中为间谍，其时也将太平军撤退的军情密报于清军。清军得知太平军撤退的消息，高连升、黄少春、刘清亮部于半夜四更率军进入嘉应州东门，副将马竣率军追赶太平军到水南，叛徒内奸刘廷贵等率领三垒士兵降于黄少春。叛徒奉王黄十四在撤出嘉应州城后，在城外投降。高连升、王德榜、康国器等率军向黄沙嶂追击，进入丰顺县境；鲍超部为了争功，一部急忙入城，一部向黄沙嶂追击。